Dans les suites de leurs contrôles sur la gestion des collectivités et des établissements publics, ou d'autres organismes publics ou privés soumis à ces contrôles, la Cour des comptes et les chambres régionales ou territoriales des comptes peuvent signaler à l'autorité judiciaire des faits susceptibles de faire l'objet d'une qualification et d'une sanction pénale.

En la matière, le pouvoir de signalement à l'autorité judiciaire s'exerce en application de décisions collégiales prises par les juridictions financières. Mais une décision récente du Conseil d'État a élargi ce pouvoir en reconnaissant à leurs magistrats le statut de lanceur d'alerte.

Jusqu'à présent, le signalement pouvait intervenir à la suite d'une décision collégiale de la formation délibérante de la juridiction ayant constaté l'existence de faits pénalement répréhensibles, soit en application de l'article L. 111-1 du code des juridictions financières dans le cas de signalement par le canal du procureur général près la Cour des comptes dans le cadre du jugement des comptes des gestionnaires de l'EPS, soit de l'article L. 211-1 du CJF, en cas de signalement par le canal du procureur financier près la chambre régionale ou territoriale des comptes à la suite d'un contrôle de la gestion de l'EPS.

En application de ces dispositions, il n'apparaissait pas qu'un magistrat de la juridiction puisse, individuellement et proprio motu, opérer un signalement réservé à la juridiction elle-même, par le canal de son ministère public.

Un arrêt rendu par le Conseil d'État le 20 février 2026 (n° 496533) a infirmé cette impossibilité en annulant une sanction disciplinaire prise par le conseil supérieur des chambres régionales des comptes à l'encontre d'un magistrat de la CRC qui s'était prévalu du statut de lanceur d'alerte. Cette sanction était fondée sur la circonstance que l'intéressé avait opéré directement un signalement externe au procureur de la République sans pouvoir justifier d'avoir épuisé les moyens à sa disposition pour opérer un signalement en interne à la juridiction.

En vue de contester la sanction qui lui était infligée, le magistrat a intenté un pourvoi en cassation devant le Conseil d'État, qui a décidé de casser ladite sanction au motif que le conseil supérieur avait commis une erreur de droit en ignorant les dispositions de l'article 3 de la loi n° 2022-401 du 21 mars 2022, visant à améliorer la protection des lanceurs d'alerte, selon lesquelles le signalement externe pouvait être opéré directement, sans être précédé d'un signalement en interne à la juridiction, en faisant usage de l'article 40 du code de procédure pénale.

Cette confirmation de la possibilité d'une double procédure de signalement de faits potentiellement délictueux à l'autorité judiciaire peut faire craindre des difficultés internes de fonctionnement des juridictions financières par la multiplication possible des canaux de signalement à l'autorité judiciaire, chaque magistrat pouvant potentiellement se prévaloir du statut de lanceur d'alerte et utiliser ce statut concurremment aux décisions collégiales de la juridiction à laquelle il appartient.

Le statut de potentiel lanceur d'alerte risque aussi de brouiller auprès des contrôlés l'image du magistrat instructeur du contrôle, en faisant planer le doute sur la possibilité qu'il aurait d'opérer, en cours de contrôle, un signalement direct à l'autorité judiciaire sur des faits qui n'auraient pas fait l'objet d'un examen par la collégialité dont il fait partie, dans le cadre d'une procédure contradictoire entre celle-ci et le représentant de l'entité contrôlée.