La loi du 18 décembre 2003 a instauré un paiement à l'activité, sur la base de tarifs opposables par groupes homogènes de malades. Ce dispositif faisait suite à la dotation globale et au prix de journée, jugés peu efficaces pour inciter à la maitrise des coûts et de l'activité.

Selon le rapport de La Cour des Comptes publié le 23 juillet 2023, intitulé La tarification à l'activité , la mise en oeuvre de la T2A a favorisé la diffusion de la culture médico économique, la réduction les coûts et la restructuration du tissu hospitalier afin de maximiser les coopérations. Elle a permis d'orienter l'activité en soutenant des priorités de santé publique (lutte contre le cancer, soins palliatifs, stroke centers par exemple) et de promouvoir le virage ambulatoire.

La facturation de l'activité a permis d'allouer les ressources en fonction de l'activité et non d'un historique arbitraire. Pour autant, entre recettes, dépenses et coûts, un fossé demeure, lié à la qualité médiocre des outils d'analyse des coûts, et notamment la comptabilité analytique jugée fruste et inapte à un pilotage fin des dépenses.

Le corpus T2A n'est pas non plus exempt de défauts. Notamment, les tarifs sont fixés sur la base d'une analyse statistique des coûts de production des soins. Or, celle-ci repose sur un échantillon d'établissements trop faible pour être représentatif, notamment sur certaines pathologies de niches. De plus, « la nomenclature médicale hospitalière présente le mérite d'être suffisamment fine pour correspondre aux pratiques médicales. En revanche, la multiplication des tarifs qu'elle induit, (près de 3700 tarifs en 2022), alourdit le dispositif (alors même que près de la moitié d'entre eux sont sous-utilisés) et rend plus complexe les opérations de codage. »

L'ONDAM cadre l'évolution budgétaire, ce qui contraint l'augmentation des dépenses hospitalières. Or celles-ci peuvent résulter de l'augmentation des coûts de production (pour de multiples bonnes raisons, comme un bond technologique ou l'augmentation des facteurs de production) et de l'augmentation du volume d'activité. Pour réguler les dépenses et les rendre compatibles avec l'ONDAM, les pouvoirs publics utilisent des outils brutaux : la régulation prix volume et la distorsion entre les tarifs et les coûts observés. « L'impossibilité de rapprocher les tarifs et les coûts qui résulte de ces objectifs contradictoires nuit à la lisibilité du système aussi bien qu'à la connaissance fine, par les hôpitaux, de la rentabilité de leurs activités. Pour regagner de la lisibilité, l'ATIH a construit un indice synthétique de comparaison relative des coûts et des tarifs, nommé tarifs issus des coûts ». Mais ces tarifs, années après années sont déconnectés des coûts de production, ce qui altère leur lisibilité et empêche d'identifier des marges de gestion.

Pour autant, la Cour estime indispensable de maintenir une fraction significative de T2A parmi les modes d'allocation des ressources afin de poursuivre l'objectif d'efficience et de convergence vers des coûts maitrisés, maintenir un mode d'allocation transparent et conserver un puissant levier d'orientation de l'activité. La régulation macro, dans le cadre de l'ONDAM, peut être assurée par un renforcement des gels prudentiels pesant sur les tarifs en début d'exercice et conduisant à des réallocations de fin d'exercice quand les objectifs de contrôle des dépenses ont été respectés.

Une fois admis que la T2A est un bon mode d'allocation des ressources, la question, dorénavant, est celle de tarifs suffisamment valorisés pour couvrir l'ensemble des sujétions hospitalières.